Мисија Канцеларије је да буде независни врховни ревизорски ауторитет Федерације Босне и Херцеговине и покретач промена у животима грађанки и грађана, тако што својим радом унапређује систем финансијског управљања и контроле, те доприноси већој одговорности и транспарентности у јавном сектору.
Спровођењем ревизија у складу са Оквиром професионалних објава ИНТОСАИ-ја, фокусирајући се на актуелне теме и правовременим и квалитетним извештавањем, Канцеларија за ревизију жели да створи нове вредности у друштву и да подстиче законитост, ефикасност и успешност рада јавног сектора у Федерацији Босне и Херцеговине.